Als de volgende dag de capitulatie volgt en de Duitsers het land bezetten, worden ook in Nederland de in nazi-ogen ongewenste boeken uit de bibliotheken verwijderd. Daarnaast passen de Duitsers een strenge censuur toe op publicaties en nieuwsberichten. Ook films, muziek en andere artistieke uitingen worden streng gecensureerd. Tegelijkertijd is er sprake van een eenzijdige nieuwsvoorziening en een uitgekiende nazi-propaganda. Op die manier willen ze bereiken dat ook de Nederlandse bevolking het nationaal-socialistische gedachtegoed over gaat nemen.
Als de Doetinchemse bibliotheek na enige tijd weer is geopend, besluit te bestuur om ingeval van boeken die aan twijfel onderhevig zijn een aanvraagformulier in te sturen zodat beoordeeld kan worden of een boek aan de Duitse voorwaarden voldoet. Een regeling waarvan het bestuur zegt dat het op die manier wil laten blijken dat het van goede wil is en zich loyaal aan de situatie aanpast. Met dat standpunt volgt het de instructie van de Centrale Vereeniging voor Openbare Leeszalen. Er is slechts één bibliotheek in Nederland die weigert om de boekenzuivering door te voeren: die van de katholieke universiteit Nijmegen. De bibliothecaris ervan laat in november 1940 aan de Duitsers weten dat hij de zuivering niet in overeenstemming kan brengen met zijn eer. Met dergelijke principes weten de Duitsers echter wel raad: ze sluiten hem twee weken in Arnhem op.
Zij hebben zo hun eigen principes. Dat blijkt als er op 15 september 1941 borden verschijnen met de tekst
Verboden voor Joden
bij de ingangen van parken, zwembaden, dierentuinen, schouwburgen, bioscopen, bibliotheken en leeszalen. Ook op de deur van de Doetinchemse bibliotheek hangt vanaf dat moment zo’n bord.
Al vanaf het begin van de bezetting is de vraag naar boeken bij de Doetinchemse bibliotheek gestegen. Blijkbaar bestaat er een groeiende behoefte om de grauwe werkelijkheid te ontvluchten. Het gevolg is dat de slijtage van boeken dusdanige vormen aanneemt dat in 1944 wordt besloten om in het vervolg nog maar één boek per lid tegelijk uit te lenen. Bibliothecaris Bartling woont dan noodgewongen in een kamer naast de leeszaal, omdat Duitse militairen hun intrek hebben genomen in zijn woning.
Tijdens de bombardementen op de stad eind maart 1945 en de gevechten een week later, blijft ook de bibliotheek niet gespaard. De ravage is groot en er gaan 450 boeken verloren ter waarde van 1673 gulden.
Als twee weken later de stad is bevrijd, is voor het opruimen en schoonmaken voldoende mankracht voorhanden, want dat gebeurt door 'foute' stadgenoten die geïnterneerd zijn in het
Bewaar- en verblijfkamp De Kruisberg.